La limpia pudo haber sido mayor, pero al final solo cuatro partidos políticos perdieron su registro en la entidad por los resultados de los comicios pasados, dos locales y dos nacionales: los partidos De Mujeres Revolucionarias, Partido Social Demócrata, Encuentro Social y Movimiento Ciudadano. Ninguno alcanzó el 3% que exige la ley en los comicios de diputaciones locales o ayuntamientos para mantener su registro.
También se pudieron haber ido el Partido Verde Ecologista y Unidad Popular, que no alcanzaron el 3 por ciento de votación en la elección de los diputados locales. Unidad Popular no obtuvo el 3% de las votaciones de diputaciones locales, pero obtuvo el 4.5% de los comicios en las presidencias municipales.
A diferencia de las elecciones por el Senado o por la Cámara de Diputados federal, en donde la votación puede considerarse nacional, en la elección de presidentes municipales de Oaxaca no participan todos los ciudadanos, sino solo los que habitan en 153 de 570 municipios.
El argumento de que la votación de los ayuntamientos de partidos no puede considerarse estatal fue expuesto por la consejera del IEEPCO Carmelita Sibaja, que explicó que permitir a Unidad Popular mantener el registro sería mantener un partido sin suficiente respaldo ciudadano. Su argumento fue rechazado por los consejeros integrantes de la comisión de Prerrogativas, Gerardo García Marroquín y Wilfrido Almaraz Santibañez, responsables de que el PUP siga recibiendo recursos públicos en 2019.
MC, Encuentro Social y el PMR, obtuvieron 8 millones 911 mil pesos en 2018, 2% de los recursos para partidos que la ley le garantiza a los partidos de “nueva creación” que carecen de representación en el Congreso del estado.