Durante los últimos 20 años, en Oaxaca se han creado diversas áreas protegidas comunitarias que a pesar de ser pequeñas, generalmente se encuentran inmersas en un mosaico de actividades productivas que mantienen la estructura y composición de los bosques a nivel de paisaje.
De acuerdo con el especialista Carlos Galindo, a pesar de tener la más alta biodiversidad del país, Oaxaca está poco representado ya que el 72 por ciento del territorio es propiedad de ejidos y comunidades indígenas que se conducen por usos y costumbres.
Con títulos de propiedad muchas veces originados desde la Colonia, las comunidades no han sido muy receptivas de las modalidades federales de protección.
Por ejemplo, la Selva Zoque (Chimalapas), en los límites entre Chiapas y Veracruz, ha sido reconocida como Centro de Diversidad de Plantas; es región terrestre prioritaria y región hidrológica prioritaria de México.
Sin embargo, a pesar de su importancia para la biodiversidad, esta región perteneciente en gran parte a las comunidades zoques de Santa María y San Miguel Chimalapas, ha tenido una larga y tortuosa historia de controversias sobre la creación de reservas campesinas y otros modelos de áreas protegidas.
Aun en la difícil región de los Chimalapas, en 2004 las comunidades de San Miguel y Santa María Chimalapas aceptaron la propuesta del WWF para llevar a cabo los ordenamientos comunitarios y la creación de áreas comunitarias protegidas.
En estas dos comunidades se crearon las áreas de El Retén, Tres Picos, Arroyo Pato, El Chilar y Cerro Azul; las dos últimas han sido certificadas por la Conanp. Además, en 2006 el comisariado de Bienes Comunales de San Miguel Chimalapa recibió el Reconocimiento a la Conservación de la Naturaleza otorgado por su activa participación en la conservación de tan importante región.